Isso provavelmente se deve à sua placa gráfica que recupera parte da memória RAM para seus próprios propósitos (principalmente armazenamento de texturas). Há também uma parte da memória reservada pelo kernel, mas é pequena (alguns megabytes) em comparação com a discrepância que você vê.
Em muitos sistemas, a quantidade de RAM reservada para gráficos é configurável nas configurações do BIOS.