Eu uso pdftk principalmente. Mas aqui estão alguns outros a considerar:
pdfsam (PDF Split and Merge) : "O pdfsam é uma ferramenta de código aberto (licença GPL) projetada para lidar com arquivos pdf "
PDFJam "Uma pequena coleção de scripts de shell que fornecem uma interface simples para grande parte da funcionalidade do excelente pacote de arquivos PDF pdfpages (por Andreas Matthias) para pdfLaTeX . " (Você também pode usar o pdfLaTeX diretamente.)
jPDFTweak : "O jPDF Tweak é um aplicativo Java Swing que pode combinar, dividir, girar, reordenar, marca d'água, criptografar, assinar, e, por outro lado, ajustar arquivos PDF. "
Inkscape: é um editor de gráficos vetoriais que pode importar páginas em PDF para seu formato SVG nativo e também exportar como PDF.
Caliber: Software de gerenciamento de e-books de código aberto que pode converter PDFs em outros formatos e manipulá-los de outras maneiras. Vem com ferramentas de linha de comando, como pdfmanipulate , que pode ser útil.
OGhostscript também pode fazer muitas coisas com arquivos PDF.