Não é a sua caixa local que está armazenando em cache as solicitações de DNS, mas é o resolvedor de DNS que você está usando no seu /etc/resolv.conf
que está armazenando em cache.
Para impedir que essas respostas em cache sejam respondidas:
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Altere o resolvedor.
$ dig @<resolve-ip> www.google.com
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Limpe o cache DNS no resolvedor, se você puder acessar o servidor DNS.
$ sudo /etc/init.d/bind restart