Pode ser um monte de coisas. Talvez um dos programas que você está executando seja ocasionalmente e brevemente usando muita memória RAM. Se isso é realmente semanas no eixo x, você deve fazer uma amostra com uma resolução muito maior (por exemplo, uma vez por minuto ou até mesmo segundo) para obter mais informações sobre o que está acontecendo que está causando a queda do cache. ps
e top
output (incluindo a média de carga) durante esse período também seriam úteis.