Nem o POSIX nem a data do GNU têm --magic-option . O FreeBSD chama -f (com uma sintaxe parecida com os especificadores de formato de saída de date , não aquele que você propõe).
Sua data está muito perto de ser reconhecida pela data GNU: basta substituir o cólon que separa a data da hora por um espaço.
date -d "$(echo "09SEP2012:23:58:46" | sed 's/:/ /')"