Se você quiser apenas verificar se dois arquivos são idênticos ou não, use cmp
.
Para obter uma saída apenas para arquivos idênticos, você poderia usar
for f in ./*; do for i in ./*; do cmp -s "$f" "$i" && echo "Files $f and $i are identical"; done; done
diff
tenta produzir uma lista curta e legível das diferenças, e isso pode levar bastante tempo, então evite a sobrecarga se você não precisar dela.