A ferramenta escolhida para a sincronização unidirecional é o rsync, e a ferramenta escolhida para a sincronização bidirecional é Unison . Ambos exigem que o executável esteja disponível em ambos os lados. Se você puder tornar um arquivo executável no lado do servidor, elimine o binário uníssono e torne-o executável.
Se você tem Linux, * BSD, Solaris ou Mac OS X localmente, provavelmente é possível usar um sistema de arquivos FUSE para tornar a web o espaço do servidor aparece como um sistema de arquivos local - o sshfs deve funcionar, uma vez que você parece ter acesso ssh. Em seguida, use o uníssono "localmente".
Observe também que a maioria dos softwares de controle de versão (CVS / Subversion e VCS distribuído) tem sincronização como um recurso de passagem (faça check-in em uma máquina e saia na outra).