Tente usar a classificação com a opção -o / --output=FILE em vez de redirecionar a saída. Você também pode tentar definir o buffer-size com o -S / --buffer-size=SIZE . Além disso, tente -s / --stable . E leia a man page, ela oferece todas as informações que eu dei.
O comando completo que você pode usar pode funcionar para o que você está fazendo:
sort -us -o wordlist_unique.lst wordlist.lst
Você também pode querer ler o seguinte URL:
Isso explica mais detalhadamente a classificação do que a página do manual.