linux-image-amd64 é um meta-pacote genérico, que depende do pacote padrão do kernel. Em seu caso específico, linux-image-amd64 provavelmente depende de linux-image-3.16-2-amd64 . Em geral, basta instalar o metapacote genérico. Você pode alternativamente instalar o pacote linux-image-3.16-2-amd64 específico, mas em geral é melhor o estilo para instalar o meta pacote genérico.
Uma vantagem específica de instalar o metapacote genérico (e mantê-lo instalado) é garantir que você esteja sempre atualizado sobre as atualizações do sistema. Caso contrário, supondo que você está atualizando de um lançamento do Debian para o próximo, ou mesmo do Debian estável para o teste Debian, sua versão do kernel não será automaticamente atualizada, além de pequenas atualizações específicas do Debian por razões de segurança. No entanto, se você tiver o meta-pacote genérico instalado, o kernel mais recente será colocado como uma dependência.