O conteúdo de jdk/bin/
é o Java incluído no Java Developers Kit. O Java dentro de jdk/jre/bin
seria o Java do Java Runtime Environment.
Se você tiver a versão empacotada JDK do Java, use a em jdk/bin/
.
Mas eles são os mesmos
Se você olhar os executáveis, não há diferença neles, então isso realmente não importa.
$ pwd
/usr/java/jdk1.7.0_45
$ ll jre/bin/java
-rwxr-xr-x. 1 root root 7718 Oct 8 2013 jre/bin/java
[saml@greeneggs jdk1.7.0_45]$ ls -l bin/java
-rwxr-xr-x. 1 root root 7718 Oct 8 2013 bin/java
$ cmp jre/bin/java bin/java
$