O mutt não parece capaz de abrir mensagens individuais. O que você pode fazer é converter o arquivo .eml em uma pasta mbox contendo uma única mensagem. Isso basicamente envolve a adição de uma linha From no topo, o que pode ser feito usando formail -b :
formail -b < themessage.eml > themessage.mbox
Isso pode ser aberto no mutt usando change-folder (chave padrão c ).