iptables-persistent não funciona dessa maneira. Reiniciar o iptables-persistent "service" não captura o estado atual do iptables e o salva; tudo o que ele faz é restabelecer as regras do iptables que foram salvas quando o pacote foi configurado pela última vez.
Para configurar o iptables-persistent , você precisa informá-lo sobre o seu conjunto de regras atual do iptables.
Uma maneira de conseguir isso é a seguinte:
iptables-save >/etc/iptables/rules.v4
ip6tables-save >/etc/iptables/rules.v6
Ou, de forma equivalente, o pacote iptables-persistent também fornece o seguinte:
dpkg-reconfigure iptables-persistent
(Você precisará responder sim às perguntas sobre salvar as regras.)
Depois disso, da próxima vez que iptables-persistent for iniciado / reiniciado, os conjuntos de regras do iptables que você espera serão carregados.