Você pode executá-lo com o timeout
command
timeout - run a command with a time limit
Synopsis
timeout [OPTION] NUMBER[SUFFIX] COMMAND [ARG]...
timeout [OPTION]
Description
Start COMMAND, and kill it if still running after NUMBER seconds. SUFFIX may be 's' for seconds (the default), 'm' for minutes, 'h' for hours or 'd' for days.
PS. Se o processo de sincronização levar muito tempo, você poderá considerar uma abordagem diferente para sincronizar seus dados, talvez bloquear a replicação.