Eu tive um problema muito parecido com o meu aplicativo php; ele disse por favor, aguarde ... no topo da página e não me deixaria editar o arquivo corretamente.
Percebi que o NetBeans achava que o projeto estava em HTML5 que não é suportado pelo NetBeans 7.0.1, então cliquei em "aguarde ..." e selecionei para usar uma versão mais antiga do HTML como o padrão do projeto. Ei pronto, trabalhado imediatamente!