Você pode usar o comando wait PID
para aguardar o término de um processo.
Você também pode recuperar o PID do último comando com $!
No seu caso, algo assim funcionaria:
command1 & #run command1 in background
PID=$! #catch the last PID, here from command1
command2 #run command2 while command1 is running in background
wait $PID #wait for command1, in background, to end
command3 #execute once command1 ended
Após a sua edição, como você tem vários PIDs e você os conhece, você pode fazer isso:
command1 & #run command1 in background
PID1=xxxxx
PID2=yyyyy
PID3=xxyyy
PID4=yyxxx
command2 #run command2 while command1 is running in background
wait $PID1 $PID2 $PID3 $PID4 #wait for the four processes of command1, in background, to end
command3 #execute once command1 ended