O APT mantém um indicador para cada pacote, informando se o pacote é instalado manualmente (instalado porque o usuário / administrador o queria) ou instalado automaticamente (instalado apenas porque é uma dependência de algum outro pacote). Isso é o que o apt-get autoremove usa para determinar o que remover: ele remove pacotes marcados como instalados automaticamente, mas que nenhum pacote instalado atualmente requer.
Você precisa marcar o pacote gnome ou qualquer pacote do Gnome que corresponda aos bits que deseja manter, conforme instalado manualmente. É mais fácil fazer isso em uma ferramenta interativa com acesso à configuração instalada automaticamente:
- Na linha de comando, chame
aptitude unmarkauto PACKAGENAMEpara marcar PACKAGENAME como instalado manualmente oumarkautopara marcá-lo como instalado automaticamente. - No Aptitude, vá para a linha correspondente a um pacote e, em seguida, pressione
mpara marcá-lo como instalado manualmente ouMpara marcá-lo como instalado automaticamente. - No Synaptic, mova para a linha correspondente a um pacote e, em seguida, ative a opção "Instalação automática" no menu "Pacote".
Note que (pelo menos a partir do squeeze, eu não verifiquei o wheezy) gnome-desktop-environment depende de todos os componentes oficiais do Gnome, incluindo empatia. Eu suspeito que você tenha gnome-desktop-environment instalado, e remover o pacote empathy teve que removê-lo por causa da dependência. Se esse for o caso, você deverá reinstalar gnome-desktop-environment . (Se você não se lembra, você pode encontrar um histórico do que os gerenciadores de pacotes baseados em APT fizeram em /var/log/apt .)
Em vez de limpar e instalar empathy , você poderia ter feito apenas apt-get -t wheezy empathy para instalar a versão wheezy.