Os resultados de ambos devem ser os mesmos, pois um link físico é criado para o arquivo original.
A diferença está no uso pretendido e, portanto, nas opções disponíveis para cada comando. Por exemplo, cp pode usar a recursão, enquanto ln não pode:
cp -lr <src> <target>
criará links físicos em <target> para todos os arquivos em <src> . (cria novos diretórios; não links) O resultado será que a estrutura da árvore de diretórios em <target> será idêntica à em <src> . Ele será diferente de cp -r <src> <target> em que usar o último copiará cada arquivo e pasta e dará a cada um um novo inode , enquanto o primeiro apenas usa links físicos em arquivos e, portanto, simplesmente aumenta sua Links count.
Quando usado para copiar um único arquivo, como no seu exemplo, os resultados serão idênticos.