O Linux Mint vem em dois sabores. Um é baseado no Ubuntu, o outro um (LMDE) é baseado no Debian. A versão baseada no Ubuntu (o padrão um) é garantido para trabalhar com pacotes do Ubuntu e o LMDE é garantido para ser compatível com pacotes do Debian repositório.
A instalação de pacotes de uma distribuição diferente pode funcionar em alguns ou muitos casos, mas falham em outros. Não é oficialmente suportado.