Isso acontecerá se você tiver arquivos esparsos:
$ mkdir test; cd test
$ truncate -s 1000000000 file-with-zeroes
$ ls -l
total 0
-rw-r--r-- 1 gim gim 1000000000 03-08 22:18 file-with-zeroes
Um arquivo esparso é um arquivo que não foi preenchido com blocos do sistema de arquivos (ou apenas parcialmente). Quando você ler uma zona não preenchida de um arquivo esparso, obterá zeros. Essas zonas em branco não requerem espaço em disco real, e o 'total' relatado por ls
corresponde ao espaço em disco ocupado pelos arquivos (assim como du
).