touch /var/spool/cron/crontabs/$username; chmod 0 /var/spool/cron/crontabs/$username deve fazer o truque. Restaure com chmod 600 e touch (você precisa alterar o mtime do arquivo para fazer o cron (tentar) recarregá-lo).
Em pelo menos o Debian e provavelmente com o Vixie cron em geral, chmod 400 /var/spool/cron/crontabs/$username também faz o truque, porque essa implementação insiste que as permissões sejam exatamente 600. Entretanto, isso só dura até que o usuário execute o comando crontab .
Se você quiser uma maneira robusta, não acho que há nada melhor do que mover temporariamente o crontab ou alterar as permissões, e adicionando-as temporariamente a /etc/cron.deny .