Sei que isso seria mais fácil se eu desse o arquivo, mas infelizmente ele continha informações confidenciais que eu não podia compartilhar. Enquanto isso, escrevi-me um script de rubi que parecia fazer o truque:
require 'csv'
c = CSV.open("outfile1.csv", "w")
CSV.foreach("data.csv", :encoding => 'windows-1251:utf-8') do |row|
row = row.map { |a| a.class == String ? a.gsub(/\r/, '') : a}
c << row
end
c.close
Obrigado a todos por ajudarem!