Existem vários fatores que podem tornar o relógio do software lento ou rápido. Os clocks em servidores virtuais são especialmente propensos a toda uma classe desses problemas. 12 segundos por dia é muito ruim até você se deparar com caixas virtuais com relógios que rodam a 180–200% de velocidade! Relógios em laptops que podem ser suspensos também podem sofrer com problemas de tempo.
Você deve considerar a perda de ntupdate em favor de ntpd . O nome do pacote é ntp no Debian (e presumivelmente também no Ubuntu). O daemon NTP mantém seu tempo sincronizado de maneira muito mais proativa do que um cron job, sincronizando com um ou mais outros servidores NTP e mantendo seu relógio muito mais preciso. É outra implementação do mesmo protocolo ntpdate usa, exceto ntpd monitora o tempo continuamente.
Se você não quiser a sobrecarga (muito pequena) de ntpd , considere executar ntpdate uma vez por hora. Assumindo que você está a 0,5s a cada hora, isso deve ser suficiente.