Encontrado o culpado, é o driver nouveau. Depois de instalar o driver proprietário da nvidia, não tenho mais janelas atrasadas. Portanto, há uma solução alternativa para esse problema. Eu preferiria usar o driver nouveau de código aberto, então vou tentar descobrir por que o Nouveau está causando essas janelas sem resposta. Desde que encontrei a causa dos meus problemas, considero esta questão respondida.