O ffmpeg parece ter uma nova opção -to
-to position (output)
Stop writing the output at position. position must be a time duration specification, see the Time
duration section in the ffmpeg-utils(1) manual.
-to and -t are mutually exclusive and -t has priority.
Exemplo de comando com dois formatos de hora
ffmpeg -i file.mkv -ss 20 -to 40 -c copy file-2.mkv
ffmpeg -i file.mkv -ss 00:00:20 -to 00:00:40 -c copy file-2.mkv
Isto deve criar uma cópia (arquivo-2.mkv) do arquivo.mkv da marca de 20 segundos para a marca de 40 segundos.