Eu também recebi esse erro no passado por um motivo diferente que a opção -r não pode corrigir. O que aconteceu é que eu baseei arquivos para adicionar ao zip com o seguinte bash code / variable
somevar=ls -1 somedir
O problema é que eu apenas listo os arquivos como se estivessem no diretório atual e é por isso que zip está reclamando (essencialmente os arquivos não existem para zip porque está sendo dito para procurar no diretório errado / atual ).
Se este é o seu problema, você pode corrigi-lo da seguinte forma.
somevar=ls -1d somedir/*
As you can see I used the "-d" switch and also /* at the end of the directory name and then the files were successfully added.