Eu sei que essa é uma pergunta antiga, mas recentemente tive o mesmo problema, então vou fornecer uma solução esperando que isso ajude alguém.
É muito fácil - use o sinalizador --force.
duplicity --force file:///home/user/Backup /
Isso provavelmente não apenas restaurará os arquivos ausentes para os diretórios dos quais você fez backup, mas também substituirá as versões mais recentes dos arquivos de backup, se existirem, mas é melhor que nada.