Um CD-ROM e um pendrive usam métodos totalmente diferentes para inicializar. Para uma imagem ISO9660 em um CD-ROM, é a El Torito Specification que a torna inicializável; para um stick USB, ele precisa de um setor de inicialização de estilo Master Boot Record .
ISOLINUX , o gerenciador de inicialização usado em imagens de CD-ROM ISO9660 para inicializar o Linux, recentemente adicionou um "isohybrid" modo híbrido que usa alguns truques inteligentes para criar uma única imagem que pode ser inicializada nos dois sentidos.
Meu palpite é que seus LiveCDs são na verdade imagens iso-híbridas, enquanto os DVDs de instalação completa não são. Você pode usar a ferramenta isohybrid
na distribuição syslinux
para convertê-los, conforme descrito no link do modo híbrido acima.