Eu acho que o problema pode ser que você está perdendo uma fonte.
Em alguns PDFs, nem todas as fontes são incorporadas, o que significa que você precisa ter essas fontes instaladas em seu sistema. Se você não os instalou, os leitores de PDF usam uma fonte de substituição, que parece certa na maior parte do tempo, mas nem sempre. Analisando sua amostra fornecida, você pode ver na coluna emb
quais fontes estão incorporadas:
user@host ~ $ pdffonts 1210.3720.pdf
name type encoding emb sub uni object ID
------------------------------------ ----------------- ---------------- --- --- --- ---------
ZVTVKO+CMR9 Type 1C WinAnsi yes yes no 65 0
TNKPNO+CMTI10 Type 1C Custom yes yes no 63 0
EUBKWD+CMMI6 Type 1C Custom yes yes yes 50 0
Times-Roman Type 1 Standard no no no 27 0
WUHOVD+MSBM10 Type 1C Custom yes yes yes 46 0
TXXCOH+CMMI8 Type 1C Custom yes yes yes 44 0
WENRPZ+CMSY10 Type 1C Custom yes yes yes 42 0
UKDDMC+CMR8 Type 1C Custom yes yes no 40 0
DZKPHZ+CMMI12 Type 1C Custom yes yes yes 38 0
QGXROH+CMR12 Type 1C Custom yes yes no 36 0
WFOOEY+CMMI10 Type 1C WinAnsi yes yes no 34 0
JFGGLS+CMCSC10 Type 1C WinAnsi yes yes no 32 0
JNCOFM+CMR10 Type 1C Custom yes yes no 30 0
BNDGFL+CMBX12 Type 1C Custom yes yes no 28 0
THENUM+CMSS12 Type 1C Custom yes yes no 84 0
BQAVRP+CMEX10 Type 1C Custom yes yes no 98 0
DCOWCX+CMTI12 Type 1C Custom yes yes no 110 0
SFKKYE+CMSY8 Type 1C Custom yes yes yes 107 0
SDEAPX+rsfs10 Type 1C WinAnsi yes yes no 100 0
AGBIOF+CMSY6 Type 1C Custom yes yes yes 125 0
ONCRWT+MSAM10 Type 1C Custom yes yes yes 117 0
GFZVVH+CMR6 Type 1C WinAnsi yes yes no 257 0
CZBFJH+CMR7 Type 1C WinAnsi yes yes no 322 0
BBIJMN+CMTT10 Type 1C WinAnsi yes yes no 317 0
ZVTVKO+CMBX10 Type 1C WinAnsi yes yes no 313 0
Como você pode ver, "Times-Roman" não está no PDF e provavelmente foi substituído por uma fonte errada.
Coisas para experimentar:
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Abra o aplicativo de terminal e instale as fontes do Windows, que incluem Times New Roman:
sudo apt-get install ttf-mscorefonts-installer
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Instale outro leitor de pdf, que pode estar substituindo a fonte de forma diferente, por exemplo muPdf
sudo apt-get install mupdf
Clique com o botão direito no PDF e escolha o programa para abrir o arquivo
- Modifique o PDF original: Veja esta pergunta no Stack Overflow