Deve ser bom excluir arquivos em /usr/share/doc
em sistemas baseados em Debian.
A política do Debian especifica explicitamente na seção 12.3:
Packages must not require the existence of any files in /usr/share/doc/ in order to function. [...]
The system administrator should be able to delete files in /usr/share/doc/ without causing any programs to break.
Como o gerenciador de pacotes também é um programa, ele deve lidar com essa situação (arquivos ausentes) adequadamente. Pode ser necessário após as atualizações para purgar /usr/share/doc
manualmente novamente.
As respostas a esta questão do Ubuntu explicam como o espaço em disco pode ser salvo e o gerenciador de pacotes pode ser configurado corretamente Sistemas baseados em Debian.