Você não definiu a cor de fundo ativa da janela, apenas define a borda do painel ativa, tente:
set-window-option -g window-status-current-bg red
É possível alterar o plano de fundo da guia ativa do tmux (atual)?
Estou usando tmux 1.9
no Ubuntu 15.04.
$ tmux -V
tmux 1.9
Eu tentei fazer:
set-option -g pane-active-border-fg red
Mas o resultado não foi alterado:
Eu esperava que o 3-bash*
tivesse um fundo vermelho.