O Module.symvers é (re) gerado quando você (re) compila módulos. Execute make modules e você deve obter um arquivo Module.symvers na raiz da árvore do kernel.
Observe que, se você executou apenas make e não make modules , ainda não criou nenhum módulo. Os símbolos do próprio kernel ( vmlinux ou um dos formatos de imagem dependentes da arquitetura) estão em System.map .