Existe uma ferramenta universal que pode fazer a desfragmentação no linux chamada shake . Você pode baixar o código , ou para usuários do Ubuntu há um PPA (o pacote shake
no repositório oficial não está relacionado).
Acabei de testá-lo em um sistema de arquivos NTFS montado usando o ntfs-3g e ele pareceu trabalhar sem problemas (sem erros, a saída detalhada parece típica). Então, provavelmente é independente do sistema de arquivos ... Quase, uma vez que pode fazer uso de atributos estendidos. Para trabalhar sem fazer uso deles, você deve usar a opção -X
. Tente usar
shake --old=0 -v -X /some/directory/
Da minha experiência, tem que ser executado como root.