Ctrl-Z suspende o processo atualmente em execução. Na expressão
for i in ull-*.pbm; do convert "$i" "tmp2/$i.pdf" ; done
todos os comandos, exceto convert (ou seja, for , in , do e done ), são palavras-chave bash em execução no shell atual e o shell não pode se suspender (e não é seu intenção de qualquer maneira). Portanto, quando você atingir Ctrl-Z e o comando convert for suspenso, o loop simplesmente será encerrado, já que não há mais nada para processar.
Se você quiser suspender todo o loop, basta executá-lo no ambiente de subshell:
(for i in ull-*.pbm; do convert "$i" "tmp2/$i.pdf" ; done)
O único shell que eu sei que é capaz de suspender todo o loop no shell atual é zsh .