Como você encontrou e definiu na sua configuração, apt-listchanges não deve avisar se você definir o frontend como none . Você também pode definir a variável de ambiente APT_LISTCHANGES_FRONTEND=none para obter a mesma coisa.
Parece que o que você realmente quer fazer é usar o pacote unattended-upgrades . Ele lida com tudo para você: desabilitando apt-listchanges , configurando o frontend para noninteractive , verificando e evitando prompts de conffile, etc. Se nada mais, o conteúdo do script Python /usr/bin/unattended-upgrades deve responder suas perguntas sobre como ele faz isso. magia.