com awk :
awk '$1 == "1" { print; x++ } END { print x, "total matches" }' inputfile
Eu tenho um arquivo de dados genômicos com contagens de tags, quero saber quantos são representados uma vez:
$ grep "^1" file |wc -l
inclui todas as linhas que começam com 1, por isso inclui tags representadas 10 vezes, 11, vezes, 100 vezes, 1245 vezes, etc. Como faço isso?
Current format
79 TGCAG.....
1 TGCAG.....
1257 TGCAG.....
1 TGCAG......
Eu só quero as linhas que são:
1 TGCAG.....
Portanto, não é possível incluir as linhas que começam com 1257. OBSERVAÇÃO: O arquivo acima é delimitado por tabulações.
Selecione linhas que começam com 1 e são seguidas por um espaço
grep -c '^1\s' file
grep -c '^1[[:space:]]' file
Isso também dará a contagem de linhas (sem precisar da chamada para wc)
Um 1 não seguido por outro número (ou nada):
grep -cE '^1([^0-9]|$)' file
Mas ambas as soluções acima apresentam alguns problemas interessantes, continue lendo.
No corpo da pergunta, o usuário afirma que o arquivo é "delimitado por tabulações".
Uma linha começando com 1 seguido por uma tabulação (uma tabulação real no comando). Isso falhará se o delimitador for um espaço (ou qualquer outro ou nenhum):
grep '^1 ' file
Uma linha começando com 1 seguido por um espaço (um espaço real no comando). Isso falhará se o delimitador for outro ou nenhum.:
grep '^1 ' file
grep '^1( | )' file
grep '^1[[:blank:]]' file
Uma opção mais flexível é incluir vários caracteres de espaço (horizontal e vertical). O conjunto de classes de caracteres [:space:] é composto por (espaço), \t (guia horizontal), \r (retorno de carro), \n (nova linha), \v (guia vertical) e \f (feed de formulário). Mas o grep não pode corresponder a uma nova linha (é uma limitação interna que só poderia ser evitada com a opção -z ). É possível usá-lo como uma descrição no delimitador. Também é possível, e mais curto, usar o atalho disponível do GNU de \s :
grep -c '^1[[:space:]]' file
grep -c '^1\s' file
Mas esta opção falhará se o delimitador for algo como dois pontos : ou qualquer outro caractere de pontuação (ou qualquer letra).
Ou, podemos usar a transição de um dígito para um limite "não um dígito", bem, na verdade, "um caractere não está em [_[:alnum:]] ( _a-zA-Z0-9 )":
grep -c '^1\b' file # portable but not POSIX.
grep -c '^1\>' file # portable but not POSIX.
grep -wc '^1' file # portable but not POSIX.
grep -c '^1\W' file # portable but not POSIX (not match only a '1') (not underscore in BSD).
Isso aceita linhas válidas que começam com 1 e são seguidas por algum caractere de pontuação.
Parece que você quer isso:
$ grep '^1\b' a
1 TGCAG.....
1 TGCAG......
Para a parte da contagem:
$ grep -c '^1\b' file
2
Qualquer um deles selecionará linhas com 1 na primeira coluna
awk '$1 == 1'
grep -w '^1'
Estes podem ser estendidos para que você nem precise do wc para contar as linhas
awk '$1==1 { x++ } END { print x }'
grep -cw '^1'
Usando grep :
grep -c '^1\s' file
Isso corresponderá a qualquer linha que comece com 1 imediatamente seguida por espaço em branco e forneça uma contagem dessas linhas (eliminando a necessidade de wc -l )
$ cat input
79 TGCAG.....
1 TGCAG.....
1257 TGCAG.....
1 TGCAG......
$ grep -Ec '^1\s' input
2
Boas respostas aqui, mas assumindo que nem todas as linhas terminam em um espaço (como se você tivesse algumas que realmente chegam ao seu "="), você pode usar isto:
grep -c "^1[^0-9]" file
Basicamente, corresponde a qualquer linha que comece com uma, seguida por um não dígito, incluindo o espaço em branco. Um pouco mais detalhado, mas também mais infalível. (Embora seja importante notar que não há nada aqui para a condição nula de apenas um-em-linha, não é sensível ao fim de linha.)
Você também pode usar a linha abaixo:
$ awk -F' ' '{if($1=="1") print $0}' <your file name> | wc -l
O parâmetro -F torna o separador de campos um espaço em branco.
Se o valor do primeiro campo for '1', sua linha será impressa.
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