AFAIK gvfsd-metadata é um processo que coleta metadados de arquivos quando você usa o Nautilus. Se o seu repositório de metadados foi corrompido de alguma forma, ele pode ficar preso em um loop infinito. Então você terá que matar esse processo e remover o repositório de metadados.
pkill gvfsd-metadata
rm -rf .local/share/gvfs-metadata