Você pode usar o comando convert
:
convert input.jpg -rotate -degrees out.jpg
e, g:
convert input.jpg -rotate -180 out.jpg
Salve com o mesmo nome:
convert file.jpg -rotate -180 file.jpg
Rodar todos os arquivos:
for photo in *.jpg ; do convert $photo -rotate 90 $photo ; done
Editar
Você pode usar as ferramentas de linha de comando mogrify
(a melhor ferramenta) recomendadas por @ don-crissti
mogrify -rotate 90 *.jpg