Sim e não. * O nix tem uma enorme vantagem sobre o Windows no gerenciamento de pacotes. Ao contrário do Windows, onde você deve confiar em pacotes de terceiros para ter (não) instaladores, as distribuições * nix oferecem gerenciadores de pacotes que cuidam da instalação e desinstalação de uma maneira unificada. Como resultado, quando você remove um pacote, todos os arquivos no nível do sistema para esse pacote serão removidos; você não precisa se preocupar com essa desordem.
No entanto, há um local onde os programas podem criar arquivos que não serão removidos com o pacote: seu diretório $HOME . Muitos arquivos mantêm a configuração, save-games, etc. em $HOME , mas os gerenciadores de pacotes nunca devem tocar em nada em $HOME . Como resultado, quando você remover um pacote, todos os arquivos criados em seu diretório inicial persistirão.
Existe um forro de prata; Se você realmente quiser limpar todos os arquivos que sobraram de um pacote que você desinstalou, a opção nuclear não é uma reinstalação, ele estaria limpando seu $HOME . Agora, isso normalmente ainda seria uma reação exagerada, porque a maioria dos programas tendem a armazenar seus arquivos em um único diretório em $HOME (geralmente $HOME/.name-of-app/ ou $HOME/.config/name-of-app/ ).
Observação: YMMV