Existe a ferramenta de linha de comando pdfnup (ou pdfjam ). Você pode instalá-lo a partir dos repositórios de sua distribuição ( sudo apt-get install pdfjam para distribuições baseadas no Debian, yaourt -S pdfnup no Arch etc).
As opções padrão receberão o arquivo PDF de entrada e produzirão um PDF de saída com duas páginas de entrada por página:
pdfnup -o output.pdf input.pdf