Como instalar o R 3.3.1 no meu próprio diretório

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Esta é uma pergunta um pouco duplicada (consulte Como configurar o PATH para R instalado no meu diretório ), mas encontrei um novo problema com a nova versão do R.

Eu estava tentando instalar uma nova versão do R (R 3.3.1) no meu próprio diretório. Eu segui meu fluxo de instalação anterior

Mas eu encontrei um problema que eu não tinha antes.

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 
.......
checking for zlib.h... yes
checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required

parece que a versão do zlib é muito baixa, então eu instalei a versão atual do zlib

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
 ./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install

então eu tentei fazer o configure para o R novamente como:

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include"

ainda tive o mesmo erro:

checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required

Então notei que alguém contorna o problema por meio de modificação o arquivo de configuração de R
Eu segui esse exemplo, resolvi o erro zlib. mas outros erros se seguiram. Para resumir a história, Eu instalei outras bibliotecas dependentes

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME$Programme/zlib-1.2.11
make && make install

tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean
# modify the Makefile (original: CC=gcc after modification: CC=gcc -fPIC) as suggested [here][2]
make 
make install PREFIX=/opt/bzip2-1.0.6

tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd /root/xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install

tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd /root/pcre-8.40
./configure  --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40  --enable-utf8
make -j3 && make install

tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd /root/curl-7.52.1
./configure  --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1
make && make install

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"

O configure pareceu funcionar:

R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu

  Source directory:          .
  Installation directory:    $HOME/Programme/R-3.3.1

  C compiler:                gcc -std=gnu99  -g -O2
  Fortran 77 compiler:       gfortran  -g -O2

  C++ compiler:              g++  -g -O2
  C++11 compiler:            g++  -std=c++0x -g -O2
  Fortran 90/95 compiler:    gfortran -g -O2
  Obj-C compiler:         

  Interfaces supported:      X11, tcltk
  External libraries:        readline, curl
  Additional capabilities:   PNG, JPEG, NLS, cairo, ICU
  Options enabled:           shared R library, shared BLAS, R profiling

  Capabilities skipped:      TIFF
  Options not enabled:       memory profiling
  Recommended packages:      yes

mas quando eu chamo

make && make install

ainda "make" não conseguiu chegar até o final:

...
  gcc -std=gnu99 -Wl,--export-dynamic -fopenmp  -L../../lib -L//HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L//HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L//HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L//HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L//HOME/Programme/curl-7.52.1/lib -o R.bin Rmain.o  -lR -lRblas
/usr/bin/ld: warning: libpcre.so.1, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/usr/bin/ld: warning: liblzma.so.5, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
../../lib/libR.so: undefined reference to 'pcre_fullinfo'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'lzma_lzma_preset@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'lzma_alone_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'lzma_crc64@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'lzma_raw_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'pcre_config'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'lzma_code@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'lzma_stream_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'pcre_free'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'lzma_raw_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'pcre_exec'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'lzma_version_string@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'pcre_maketables'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'lzma_stream_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'pcre_compile'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'pcre_study'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'pcre_version'
../../lib/libR.so: undefined reference to 'lzma_end@XZ_5.0'
collect2: error: ld returned 1 exit status

...
make: *** [R] Error 1 

Alguém tem alguma idéia para resolver o problema, por favor, deixe-me saber.

TKS com muita antecedência!

Acompanhamento: Com base na sugestão do thrig, adicionei as linhas abaixo ao meu arquivo .cshrc

setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib

e

source .cshrc 

problema resolvido! Obrigado!

    
por Jun 08.02.2017 / 13:42

1 resposta

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Esta é a solução para o problema mencionado acima

Siga o exemplo para modificar o arquivo de configuração de R Então:

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install

tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean

modifique o Makefile (original: CC = gcc após modificação: CC = gcc -fPIC) como sugerido aqui

make 
make install PREFIX=$HOME/Programme/bzip2-1.0.6

tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install

tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd pcre-8.40
./configure  --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40  --enable-utf8
make -j3 && make install

tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd curl-7.52.1
./configure  --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1 --with-ssl
make && make install

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"

Adicione as linhas abaixo ao meu arquivo .cshrc

setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib

e

source .cshrc 

Agora vá para o diretório R-3.3.1:

make && make install 

deve funcionar.

    
por 09.02.2017 / 04:53