Eu estou indo para os pontos de bônus. Eu uso emacs
e tenho flyspell-mode
habilitado por padrão para documentos LaTeX. Funciona bem e ignora os comandos do LaTeX.
As linhas relevantes no meu arquivo .emacs
são:
;; load flyspell-mode for LaTeX files
(add-hook 'LaTeX-mode-hook 'flyspell-mode)
;; make flyspell mode ignore latex commands
(setq ispell-extra-args '("--dont-tex-check-comments"))
Não usei muito o markdown, mas acho que você pode fazer o equivalente também.