O tipo de partição é para dispositivos que precisam saber que tipo de sistema de arquivos você está colocando nessa partição. O Linux parece ser inteligente o suficiente para simplesmente ignorar o tipo e sabe o que é o sistema de arquivos, não importa o quê. No entanto, existem alguns dispositivos que só poderão ler seu disco se o tipo de sistema de arquivos corresponder ao sistema de arquivos real que você colocou no disco.
mkfs
cria o sistema de arquivos real. Não sabe que tipo de coisa você está colocando no sistema de arquivos, então não pode adivinhar. Você precisa dizer exatamente que tipo de sistema de arquivos você está tentando criar para que ele saiba o que fazer.
Descobri recentemente porque é importante o tipo de sistema de arquivos. Eu configurei um pendrive para colocar músicas para usar em um media player, no entanto, eu não configurei o tipo de sistema de arquivos corretamente, mesmo que o sistema de arquivos real fosse vfat. O tocador de música não sabia como ler o disco, funcionava quando o tipo de partição era definido corretamente. Eu também tive o mesmo problema em um mac, um pendrive com o tipo errado de partição não pôde ser lido mesmo que o sistema de arquivos estivesse bom.