Geralmente, uso uma das seguintes alternativas:
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rsync -aHAX(adicionar v para verbosidade) garante que você preserve qualquer estrutura de link e x-attrs na pasta de destino durante a cópia. Não se esqueça deasignifica arquivar e preservar tempo, propriedade e permissões já. - Simples
tar cvf(não comprima para economizar tempo, apenas as aplique) é o que eu uso se o primeiro não atender o que eu preciso por qualquer motivo e não tenho tempo, mas eu sempre tento o primeiro um.
Para verificar se tudo correu como deveria, você pode executar diff -r <folder1> <folder2> depois, se desejar.