Pelo que entendi, você realmente prefere uma GUI para trabalhar com o Linux no seu servidor, sendo um usuário novato. Infelizmente, no Ubuntu 12.10, o suporte somente 2D para o Unity foi descartado e tem um desempenho muito lento em hardware não 3D. Em uma máquina virtual, isso é ainda menos útil, já que você não está atrás do belo colírio, suponho.
Eu recomendaria:
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Fique com 12.04. É uma versão suportada de longo prazo e não perderá o Unity-2D.
OR:
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instalando outro ambiente de desktop que é leve. Eu iria para LXDE (também conhecido como Lubuntu) ou XFCE (também conhecido como Xubuntu). Você pode instalar isso junto com o Unity primeiro:
sudo apt-get install lubuntu-desktop
, então altere-o na tela de login, experimente e finalmente: Como você pode remover o Unity?De lá, você poderá fazer upgrade sem problemas. Eu recomendaria testar esses ambientes de desktop primeiro em um ambiente Live (Inicialização ISO Lubuntu / Xubuntu em uma de suas VMs) antes de instalar um.