Sim, o backup # 2 terá o arquivo e as coisas funcionarão como você espera.
No entanto! Observe que Deja Dup identifica exclusivamente a unidade USB pelo ID do sistema de arquivos, portanto, você não pode "enganá-la" de alguma forma simplesmente trocando discos. Você realmente terá que alterar o seu local de backup nas configurações do sistema para alternar qual disco o Deja Dup usa.