Isso porque você provavelmente estava usando aplicações Qt (você não mencionou quais, então não pode checar realmente), renderizado em um tema GTK antes. Agora, eles são renderizados em um tema nativo.
Instale a ferramenta QtConfig para alterar isso:
sudo apt-get install qt4-qtconfig
E execute:
qtconfig
Em seguida, altere sua configuração aqui: