Embora a resposta do @X Tian contenha informações sobre os diferentes arquivos do crontab, as informações essenciais sobre a sua pergunta são:
crontab -e edita o arquivo crontab do usuário (armazenado no diretório /var/spool/cron/crontabs/ nos sistemas Debian atuais, mas YMMV) ou cria um novo, e não /etc/crontab . Semelhante para crontab -l (listar arquivo crontab) e crontab -r (remover arquivo crontab).
Para todos os trabalhos agendados que devem ser executados na conta de um usuário, você deve usar crontab -e . Para tarefas do sistema, você deve adicionar um arquivo em /etc/cron.d , se ele existir; sob /etc/cron.{hourly|daily|weekly|monthly} (mas esses não devem ser nomeados como um nome de pacote!), se isso for adequado ao seu propósito; ou adicione uma linha a /etc/crontab . Mas esteja ciente de que /etc/crontab pode ser substituído por uma atualização do sistema.