Estou envergonhado de dizer que a solução foi matar o processo wpa_supplicant já em execução. O argumento -B faz com que o programa bifurque no plano de fundo, e tentar executá-lo novamente falhará, desde que já esteja em execução. Ainda não sei por que imprime a primeira mensagem de erro, mas ela se conecta a redes sem fio sem problemas.
sudo killall wpa_supplicant