cp --reflink=always quase certamente está funcionando corretamente. Se não fosse, você estaria recebendo um erro. Por design, essa é a diferença entre --reflink=always e --reflink=auto . O erro seria assim:
# Filesystem that does not support the feature at all
cp: failed to clone 'xx' from 'yy': Inappropriate ioctl for device
# Filesystem that does support it, but copy across filesystems
cp: failed to clone 'xx' from 'yy': Invalid cross-device link
Você está copiando uma estrutura de diretório com muitos arquivos pequenos? Nesse caso, cp ainda tem que criar todos os diretórios e abrir e fechar todos os arquivos, por isso ainda levará tempo, ao contrário de btrfs subvolume snapshot . Isso provavelmente explica o tempo necessário para realizar a operação.