A Red Hat vale mais de um bilhão de dólares atualmente. Sim, eles ganham dinheiro. Ao fazer consultoria, oferecendo suporte, fornecendo treinamento, etc.
Dito isto, não há muitas empresas de código aberto que realmente fazem dinheiro. A Canonical certamente não (ainda). Novell está em um patch de mau tempo. Mandriva é sempre em um patch de mau tempo. O Zarafa é relativamente novo e pequeno.
Por outro lado, pergunte a si mesmo se é necessário haver uma única empresa oferecendo algo. Empresas como a IBM, Oracle, Red Hat, Novell, Intel, AMD, Fujitsu, Dell, HP, QLogic e um todo de outras empresas trabalham juntas no kernel. Eles não ganham dinheiro apenas com a 'venda' do kernel ou com o suporte a ele, mas com certeza ganham dinheiro.
A diferença entre empresas como a Microsoft e empresas como a Novell e a Red Hat é que elas são capazes de fornecer valor sobre uma commodity, ao passo que empresas como a Microsoft só podem ganhar dinheiro certificando-se de que eles estão vendendo nunca se torna uma mercadoria. É por isso que a Microsoft está assustada com os padrões abertos. O mesmo vale para a Apple. Os padrões abertos não são legais se o seu negócio é vincular as pessoas ao seu produto. Os padrões abertos são muito legais se você puder fornecer algo (suporte, consultoria) sobre uma plataforma de commodities aberta e padronizada.
Isso é como funciona:)